本作的故事描述不明生命体「Zenos」随着坠落的陨石一起来到地球，人类从此分裂成移居地下巨大都市「Geo City」的「地下人」，以及将Zenos 当作神明崇拜的「地上人」。玩家将加入Geo City 里一个被称为「EAC 特务局」的组织，指挥各种学习了特殊能力的队员，为了夺回天空而战。 游戏中，战斗的地图是由方格所构成，每个方格上将会发生与敌人战斗或获得道具等事件。战斗部分采用正统的指令式战斗，并搭配拥有华丽演出的角色必杀技，玩家可依据每位特务的特性与连动效果，使用各种策略击倒敌人。